Der Workshop vermittelt Wissenschaftlern unterschiedlicher Bereiche der Lebenswissenschaften den korrekten Umgang mit wissenschaftlichen Bildern für Publikationen. Die Teilnehmer lernen alle relevanten Aspekte digitaler Bilder kennen, einschließlich Dateiformate, Metadaten, Bit-Tiefen und Histogramme. Praktische Übungen mit der professionellen Software Fiji (ImageJ) ermöglichen die Anwendung wissenschaftsethisch korrekter Methoden zur Bildbearbeitung und Analyse.

Inhalte:

• Korrekte Bearbeitung wissenschaftlicher Bilder für Publikationen und gute wissenschaftliche Praxis im Umgang mit Bildern
• Verständnis aller Aspekte digitaler Bilder (z. B. Dateiformate, Metadaten, Bit-Tiefe, Histogramm, …)
• Richtiges Zusammenführen fluoreszierender Kanäle und Verwendung von Pseudo-Farben sowie Kalibrierungsbalken
• Korrekte Anwendung von 2D-Projektionen aus 3D-Daten
• Optional: kurzer Einblick in 3D-Rekonstruktionsoptionen in Fiji/ImageJ
• Skalieren von Bildern auf Einheiten (z. B. µm) anhand von Metadaten und Hinzufügen von Maßstabsbalken
• Methoden zur Korrektur ungleichmäßiger Beleuchtung für die Visualisierung
• Methoden zur Hintergrundkorrektur
• Korrekte Kontrasteinstellung unter Einhaltung der Grenzen guter wissenschaftlicher Praxis
• Vermeidung von Datenveränderungen beim Export von Bildern für Publikationsabbildungen
• Einführung in die Vektorgrafiksoftware Inkscape für eine effiziente Erstellung von Publikationsabbildungen
• Erstellung eines Beispielbildes

Zielgruppe

Doktoranden und PostDocs, die sich mit digitalen Bildern und deren Analyse beschäftigen. Der Workshop hat einen Fokus auf Lebenswissenschaftlichen, aber der Inhalt ist generell auf alle Fachgebiete übertragbar. Keine Vorkenntnisse zur Software nötig.

Ziel

Der Workshop soll Wissenschaftlern ein besseres Verständnis der "Do's" und "Don'ts" während der Verarbeitung, Bearbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Den Teilnehmern werden die Möglichkeiten und Methodiken aufgezeigt, wie sie eine Vielfalt an Informationen aus ihren digitalen Bildern extrahieren können.

Methode

Der Workshop kombiniert interaktive Live-Vorträge mit praktischen Übungen in einem virtuellen Format. Dabei arbeiten wir mit einer speziell angepassten Version von Fiji (ImageJ-Bundle) sowie mit Inkscape. Beide Programme sind kostenlos, Open Source und leicht zugänglich. Vorkenntnisse in der Nutzung der Software sind nicht erforderlich, können jedoch hilfreich sein.

Alle angemeldeten Teilnehmer erhalten rechtzeitig vor Beginn des Workshops detaillierte Anweisungen zur Vorbereitung und Installation der Software per E-Mail.

Dr. Stefan Lang, Scientific and Medical Writer