HHU StartMNFiGRADCourse offersWorkshop ProgramWissenschaftliche Bildverarbeitung und Analyse (medRSD)

Wissenschaftliche Bildverarbeitung und Analyse

medRSD Workshop

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AudienceDoctoral Researchers and Postdocs
Duration2 days
Capacitymax. 12
Competence AreaThis course is assigned to Competence Area 3:
allocation not defined
Workshop LanguageGerman (Click undefinedhere for information on the English workshop on Scientific Image Processing)
Registration Registration is open for all doctoral iGRAD members and doctoral researchers of the associated programs. Postdocs can participate upon request.
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Dieser Workshop ist ein regelmäßiges Angebot in unserem Kursprogramm. Die neuen Termine finden Sie in Kürze auf dieser Seite.

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Kursinhalte
Der Workshop vermittelt Wissenschaftlern unterschiedlicher Bereiche der Lebenswissenschaften den Umgang, die Verarbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Dies reicht von der korrekten mikroskopischen Bildakquise bis hin zum Einbau in die Publikationsabbildung. Neben entscheidenden theoretischen Kenntnissen, sorgen praktische Übungen mittels der professionellen Software Fiji dafür, dass zu allen Themengebieten wissenschaftsethisch korrekte Methoden zur Bildbearbeitung und Analyse erlernt werden. Ein Ziel ist es dabei, so viel Information wie möglich aus den Bilddaten zu extrahieren. Das erlernte kann im Nachhinein mittels des Unterrichtsmaterials einfach wiederholt und vertieft werden. Es werden auch Einblicke in die Automatisierungsmöglichkeiten sich wiederholender Prozessierungsschritte gegeben und ein Einblick in die zeitlich effizienten Erstellung von Publikationsabbildungen bei gleichzeitigem Erhalt hoher Bildqualität vermittelt.
Darüber hinaus können spezifische Fragestellungen oder Probleme der Kursteilnehmer diskutiert werden, sofern diese zuvor kommuniziert (Mail mit Fragestellung und Beispielbildern) wurden.

Spezifische Themen sind (unter anderem):

  • Grundlagen der Bildakquisition

    • Auflösung und Sampling
    • wissenschaftliche geeignete Bildformate
    • Metadaten - Informationen hinter dem offensichtlichen Bild
    • Eigenschaften und Informationsgehalt digitale Bilder (Bit-Depth, Farbräume,...)

  • Korrekte Bearbeitung naturwissenschaftlicher Bilder (Verwendung des Intensitätshistogramms, Kontrast, Rotationen, Größenanpassung, Hintergrundreduktion)
  • Verwendung verschiedener Bildfilter zur Vorbereitung der Extraktion und weiteren Analyse
  • Bildsegmentierung - Extraktion spezifischer Bildinformationen oder Objekten (Zellen, Kerne, Markerfärbungen)
  • Manuelles und automatisches Zählen von Objekten
  • Grundlegende 3D-Rekonstruktion (Mikroskopische Stacks, MRT-Daten, etc.)
  • Bildquantifizierungen

    • Messung von Flächen, Flächenanteilen, Längen, etc.
    • 3D Objekte quantifizieren (Volumen, Oberfläche, ...)
    • korrekte Intensitätsmessung in Bildern (z.B. Fluoreszenzintensität)

  • Automatisches Tracking  und Analyse sich bewegender Objekte (optional)
  • Bildskalierung und -kalibrierung
  • Kennzeichnung von Bildern und Filmsequenzen (scale bars, calibration bars,...)
  • Quantitative Bildanalyse - Längen, Flächen, Volumen, Oberfläche, Intensitäten
  • Wissenschaftsethik im Bezug auf den Umgang mit digitalen Bildern und deren Publikation
  • Effiziente und wissenschaftliche korrekte Erstellung von Publikationsabbildungen

Ziel
Der Workshop soll Wissenschaftlern ein besseres Verständnis der "Do's" und "Don'ts" während der Verarbeitung, Bearbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Den Teilnehmern werden die Möglichkeiten und Methodiken aufgezeigt, wie sie eine Vielfalt an Informationen aus ihren digitalen Bildern extrahieren können.

Zielgruppe
Doktoranden und PostDocs, die sich mit digitalen Bildern und deren Analyse beschäftigen. Der Workshop hat einen Fokus auf Lebenswissenschaftlichen Anwendungen und Mikroskopie, aber der Inhalt ist generell auf alle Fachgebiete übertragbar. Keine Vorkenntnisse zur Software nötig.

Methode
Während der praktischen Übungen wird mit der umfassenden und professionellen Software Fiji (angepasstes ImageJ Bundle) gearbeitet. Die Software wird zur Verfügung gestellt und steht auch nach dem Workshop frei zur Verfügung (Open Source).

Trainer
Dr. rer. nat. Jan Brocher, Bioimaging Analyst, biovoxxel

Trainer

Dr. rer. nat. Jan Brocher
Bioimaging Analyst, biovoxxel

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